La ciencia cognitiva moderna valida este modelo de interacción a través de la Teoría del Doble Proceso, popularizada por el psicólogo y premio Nobel Daniel Kahneman . Esta teoría postula que el pensamiento y la toma de decisiones operan a través de dos sistemas distintos:
Sistema 1: Funciona de manera rápida, automática, intuitiva y emocional. Requiere poco o ningún esfuerzo y no ofrece una sensación de control voluntario. Es el sistema que reconoce rostros, completa frases comunes o reacciona instintivamente ante un sonido fuerte. En el modelo de la Ciencia Espiritual, el Sistema 1 es el correlato neurológico directo del piloto automático del ego de y .
Sistema 2: Centra la atención en las actividades mentales esforzadas que lo demandan, como los cálculos complejos. Su operación se asocia a menudo con la experiencia subjetiva de actuar, elegir y concentrarse. Es lento, deliberativo y lógico. El Sistema 2 es el correlato del piloto consciente, el espíritu (α), ejerciendo su intención a través de la corteza prefrontal.
La vida diaria es una interacción constante entre estos dos sistemas. El Sistema 1 (instinto) genera continuamente sugerencias para el Sistema 2 (intención): impresiones, intuiciones, impulsos. En la mayoría de los casos, el Sistema 2 adopta estas sugerencias con poca o ninguna modificación. Esto es eficiente. Sin embargo, cuando el Sistema 1 encuentra una dificultad, llama al Sistema 2 para que le apoye con un procesamiento más detallado y específico que pueda resolver el problema. La tensión entre un impulso habitual y una meta a largo plazo es, en términos neurológicos, un conflicto entre el Sistema 1 y el Sistema 2, una validación directa del modelo "instinto vs. intención".