El objetivo final del Ingeniero de Sistemas Internos (α) no es la eliminación del piloto automático, sino su integración y reprogramación . Un piloto maestro no destruye el sistema de piloto automático; lo comprende a la perfección, confía en él para las tareas adecuadas y, lo que es más importante, sabe cómo y cuándo anularlo y reprogramarlo con nuevas directrices. La evolución espiritual es el proceso de transformar la relación entre el instinto y la intención de una de conflicto a una de colaboración jerárquica.
Este proceso de reprogramación es la manifestación funcional de la neuroplasticidad. Cada vez que el piloto consciente (α) interrumpe una respuesta instintiva del piloto automático (ego de γ) y ejecuta deliberadamente una nueva acción alineada con su intención, está forjando una nueva vía neuronal. Por ejemplo, el instinto ante una crítica puede ser la defensa (una respuesta de "lucha"). Si el espíritu interviene y elige conscientemente la curiosidad ("¿Qué puedo aprender de esto?"), esta nueva respuesta, si se repite, comienza a construir una nueva "ruta" en el cerebro. Con el tiempo, esta nueva ruta puede volverse tan fuerte que se convierte en la nueva respuesta por defecto. El piloto consciente ha actualizado el software del piloto automático.
El estado de maestría se alcanza cuando el instinto se pone al servicio de la intención. El piloto automático ya no ejecuta ciegamente los viejos programas de supervivencia, sino los nuevos programas de sabiduría que el piloto consciente ha instalado pacientemente a través de la práctica. Las respuestas automáticas se vuelven respuestas de calma, de empatía, de creatividad. El sistema ya no está en conflicto. El piloto automático maneja la operación del vehículo con una eficiencia increíble, pero ahora lo hace siguiendo las directrices y el destino establecidos por el piloto.
Esta integración libera una cantidad inmensa de energía (β). La energía que antes se desperdiciaba en la fricción interna entre el instinto y la intención ahora está disponible para la creación y la manifestación. La vida deja de ser una lucha por el control en la cabina y se convierte en un vuelo fluido y con propósito, donde el piloto y su sistema operan como una unidad perfectamente integrada.