El mecanismo del Protocolo de Coherencia es una inducción deliberada de la resonancia barorrefleja . El barorreflejo es un bucle de retroalimentación homeostático que regula la presión arterial. Los sensores de presión (barorreceptores) en las arterias principales monitorean constantemente la presión y envían señales al cerebro para ajustar la frecuencia cardíaca y la resistencia vascular, manteniendo la presión en un rango estable. Este sistema, como la respiración, tiene su propio ritmo. La investigación ha demostrado que la frecuencia de resonancia de este sistema es de aproximadamente 0.1 Hz, lo que corresponde exactamente a un ciclo de 10 segundos (6 respiraciones por minuto).

Cuando respiramos a este ritmo de 0.1 Hz, nuestra respiración entra en fase con el ritmo intrínseco de nuestro sistema de presión arterial. Esta sincronización crea una interferencia constructiva, una onda de resonancia que amplifica enormemente la arritmia sinusal respiratoria (ASR) y genera el patrón de VFC más coherente posible. Estamos, en esencia, "empujando el columpio" de nuestro sistema cardiovascular en el momento justo, creando una oscilación suave y potente con el mínimo esfuerzo.

Esta onda de coherencia fisiológica tiene efectos profundos en el cerebro. La señal rítmica y predecible que viaja desde el corazón y los barorreceptores hacia el cerebro actúa como un "marcapasos" para la actividad neuronal. Ayuda a sincronizar las ondas cerebrales, a calmar los centros de estrés y a mejorar la conectividad en las redes de control ejecutivo. El resultado es un estado mental que a menudo se describe como "calma alerta": el cuerpo está profundamente relajado (dominancia parasimpática), pero la mente está clara, enfocada y creativa. Es el estado neurológico del "flow".

Además del ritmo, este protocolo a menudo se combina con una intención de α específica: el cultivo de una emoción expansiva. Se instruye al practicante a que, mientras realiza la respiración rítmica, genere activamente un sentimiento de aprecio, gratitud o compasión, a menudo enfocándose en el área del corazón. Esta combinación es la alquimia en su máxima expresión. La intervención en γ (la respiración rítmica) crea la estructura fisiológica de la coherencia, mientras que la intervención en α (la intención emocional) llena esa estructura con la cualidad vibratoria de la coherencia. El hardware y el software se sincronizan para producir una onda senoidal de una pureza y potencia extraordinarias.